经颅磁刺激对大脑不会有副作用，经颅磁刺激技术已得到广泛应用，国内经颅磁刺激技术已达到世界先进水平，并在神经精神病学、康复、儿科等方面得到了广泛的应用。应用程序。其中，对抑郁症、睡眠障碍等疾病的疗效作为一种非药物治疗在临床实践中取得了可喜的效果。
房颤病人可作经颅磁刺激。
经颅磁刺激多用于以脑部为靶点进行功能恢复，对心脏的作用不大。在治疗方面，需要注意的问题就是要选择合适的方法，避免因为各种原因导致疗效不好或者是出现副作用。对疑为房颤，建议去正规的医院做心电图或动态心电图，以明确确诊房颤的确实存在。如果确诊为患有房颤时，应该在医生指导下选择合适的治疗方法和手段来进行复律。在明确诊断后，推荐射频消融术或药物用于复律，无法复律者应应用抗凝药物抗凝。
经颅磁刺激是指通过电磁脉冲作用到中枢神经，刺激神经细胞的兴奋性，代偿坏死神经细胞，平衡患侧和健侧兴奋性，达到恢复某些如认知功能障碍、言语障碍等功能的一种安全无创技术。主要通过不同的频率来达到治疗目的，高频(>1Hz)主要是兴奋的作用，低频(≤1Hz)则是抑制的作用。
可以，经颅磁刺激仪在恢复治疗中是一个非常有效的新技术，作为神经恢复的有效治疗方法，经颅磁刺激仪是目前医学研究和应用的热点问题之一，为脑功能障碍探索出非常有价值的物理治疗的新思路，更成为本世纪神经恢复的新突破。
重复经颅磁刺激治疗的适用范围有睡眠障碍，失眠多与情绪有关，如入睡困难常与焦虑有关，早醒与抑郁有关，rTMS可在改善情绪的同时改善睡眠。抑郁障碍，通过高频刺激使大脑皮质兴奋性增加，从而改善抑郁症状。焦虑障碍，低频刺激抑制局部神经元活动使皮质的兴奋性下降，改善各种广泛性焦虑、强迫症、社交焦虑症、惊恐障碍等症状。
经颅磁刺激治疗抑郁症有一定效果，但比起抗抑郁药物治疗来说效果要差，可以联合药物和心理治疗效果最佳，自我调养至关重要，做最感兴趣的事、有计划地做些能够获得快乐和自信的活动。
