脑炎后遗症的治疗包括康复训练，药物治疗，中医中药以及必要的手术治疗等。首先应该进行康复治疗，包括认知功能训练，主动和被动的肢体锻炼，另外应该联合心理医生进行心理干预治疗。
由于病毒、细菌、真菌等不同的原因引起的，起病因是比较复杂的，是中枢神经系统的严重感染性疾病。还有可能是遗传的原因，家族里一发现有此类疾病的人，就会遗传给下一代。
中医治疗：但传统中医治疗脑炎后遗症疗程很慢，效果不是很理想，长期下去会造成有些患者体质的一定副作用。一般治疗及对症治疗：护理、降温、止惊以及呼吸衰竭等处理可参照乙脑的治疗。
如果是大脑缺氧者，可以采用普通的吸氧，条件可以的情况下使用高压氧治疗，这样能有效的改善大脑血液缺氧供应，对于恢复是有帮助的，同时还以进行中医治疗的方法，如推拿、按摩等，这能起到辅助的作用。
应该加强护理，患者一定要补充水分与营养，还要保持患者电解质的平衡。继续用抗病毒来进行治疗，它是为了提高患者的机体抵抗力，这样对病人的后遗症恢复会有所帮助。
