打乙脑疫苗必须与注射免疫球蛋白至少要在三个月以后再注射乙脑疫苗。患有严重慢性疾病，急性疾病，比如感冒，慢性疾病的急性发作期，比如乙肝大三阳小三阳急性感染期，都应该避免注射乙型脑炎疫苗。免疫力功能低下调节免疫力以后才能注射乙脑疫苗。或正在接受免疫抑制治疗者在治疗期间不能注射。注射乙脑疫苗以后，在24小时之内，不能洗澡，保持局部皮肤干燥清洁，防止继发性感染。
需要注意在注射疫苗过程中，不要使消毒剂接触疫苗。疫苗复溶后有摇不散的块状物，复溶前疫苗变红，疫苗瓶有裂纹或瓶塞松动者，不能使用。疫苗复溶后立即使用完。本品为减毒活疫苗。
注射乙脑疫苗以后，在24小时之内，不能洗澡，保持局部皮肤干燥清洁，防止继发性感染。乙脑疫苗比较安全，仅有少数小儿会出现不良反应。注射乙脑疫苗后可出现发热，还可出现头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，也可出现腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状。
乙脑（减毒）疫苗和乙脑疫苗的区别，疫苗是一种病毒，而乙脑疫苗中的细菌经过技术处理完全丧失活性，而乙脑减毒疫苗仍保留一定的毒力但不足以致病，但缺点是免疫缺陷的人接种可能会导致意外，所以理论上灭活疫苗安全性更高，减毒疫苗免疫效果更好。
第1个是发热，乙脑疫苗接种后发热的概率还是蛮高的，大概在10%左右，一般多是中低热，持续2-3天；第2个是过敏，可以引起皮疹、瘙痒等第。3个是引起胃肠道症状，可以引起纳差、腹痛、腹胀、呕吐、腹泻；第4个可以引起类感冒样症状，包括鼻塞、流鼻涕、咽痛等症状。除此之外，乙脑疫苗还有一些罕见的不良反应，包括白细胞的减少、淋巴结的肿大、过敏性紫癜等。
疫苗接种前注意宝宝免疫抵抗力要好，近期没有感冒、发烧、过敏、腹泻、疱疹等系列疾病，患先天性免疫缺陷疾病、心脏病、肾炎、肝炎等不宜接种。接种后半小时留观，一天内不要洗澡，回家多喝水加速新陈代谢，接种的地方若出现硬结，不要过分担心，采用温湿毛巾热敷效果不错。