肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
病发肯定会疼，肛瘘形成的根本原因是因为感染，用药物是无法治好的。药物只有辅助缓解病情的作用。想治好肛瘘只能通过做手术治疗。而且治好后也不能掉以轻心，需要清除掉所有可能再度让孩子病情复发的隐患因素，注意孩子的肛门卫生，帮助孩子养成规律排便的习惯。
肛瘘手术后换药可以出现不同程度疼痛症状，病情比较简单的肛瘘手术，伤口创面相对比较小，疼痛症状也比较轻，通常可以耐受。病情比较严重的肛瘘，可能有多个伤口和创面，换药时疼痛症状相对明显一些。另外，随着感染的逐渐控制和病情康复，疼痛症状也可慢慢减轻。
肛瘘手术大多采用的都是拔线手术，手术后要定期的绷紧线。然后尽现真的特别的疼，如果疼痛难忍可以吃止疼药。手术以后要勤换药，注意观察伤口，要保持大便通畅，定时排便，保持肛周清洁卫生，勤换内裤，增加体育锻炼，避免久坐久站，可以做一些提肛运动。
二级疼痛。肛瘘大多采用拔线手术，术后要定期绷紧线，这主要是为了保持橡皮筋的作用，可以起到慢性切割、绷紧线时有疼痛症状，一般一个月后肛瘘手术后要用橡皮筋绷紧线将基本拉紧。
使用广谱的抗生素进行抗炎治疗。局部进行温水坐浴，也可以用药物坐浴，然后配合局部的理疗。肛瘘伴急性感染出现的疼痛，没有特殊有效的办法，可以适当吃止痛的药物。
