可能会留下不同程度的后遗症，比如癫痫，偏瘫失语健忘、精神障碍等。如果病情不是很严重，治疗及时预后良好是可以治好的，如果比较严重的脑炎，脑组织受损严重，那就不好说了。
婴儿脑炎的后遗症一般都是会出现智力缺陷，大部分脑延及时治疗好后不会有后遗症的。目前对于脑炎的远期预后特点了解相对较少，神经及认知后遗症可能被低估了。通常说的小婴儿，就是新生儿脑炎，将来可能会出现脑积水性格改变等情况。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
病毒性脑膜炎和脑炎是儿童时期比较常见的中枢神经系统感染性疾病，当病毒感染仅累及脑膜。当怀疑有脑炎或者脑膜炎时候，一般是建议做腰穿的。腰椎穿刺就是用针穿到脊髓腔抽取少量的脑积液，一般没有什么后遗症的，但是属于有创性检查的。
脑炎根据感染类型、感染程度、感染人群的不同，其诊断的方法也多种多样。大体可分为急性病毒脑炎、慢病毒脑炎、流行性腮腺炎病毒脑炎、带状疱疹脑炎、巨细胞病毒脑炎、进行性风疹脑炎。脑炎的后遗症多为肌肉瘫痪和肌无力。有时还有可能会出现意识上的涣散和精神上的障碍。但是大部分情况下是可以康复的，只有少数情况可能会造成发育迟缓、小儿癫痫等后遗症。
