新生儿需要做穿刺有两类，一类是肿块性病变，穿刺活检的目的是确定肿块的性质，包括鉴别良性与恶性，第二类是血液系统疾病，如贫血的鉴别诊断需要做骨髓穿刺。临床上穿刺活检是一项常常用到的检查方法，通过穿刺活检，能够取得病灶的组织与细胞成分，结合病理检查能准确地确诊病灶的诊断，多数时候，成功的穿刺活检所得的结果，是疾病的最终诊断。
比较严重的肝炎都是需要做穿刺的。比如慢性肝炎纤维化分期和炎症分级、活体肝移植的适应性评估、肝豆状核变性铜含量的测定、胆汁淤积性肝病的诊断、肝移植术后排斥反应的诊断、不明原因黄疸的确诊等。
新生儿腰椎穿刺主要针对的就是一些感染，比如像感染引起的化脓性脑膜炎，是需要做腰椎穿刺的，确诊有没有化脑的一些情况，但是具体的怎么做，不是抽取骨髓，是从椎间口进针抽取脑脊液进行检测，对身体基本是没有什么影响和伤害的。
患儿未发生明确的窒息，但却发生脑病时，就需要进行腰椎穿刺。在诊断新生儿缺氧缺血性脑病时，腰椎穿刺并非必做的检查。但患儿若无明确的窒息发生史，则需排除其他原因所致的脑病。而腰椎穿刺并抽取脑脊液进行检查对排除其他原因来讲是很好的检查。
骨穿是排除造血系统疾病的主要检查，白血病的诊断骨髓疾病的诊断都需要进行检查。当发现血液浓度高，脸色很红，瘦得严重，胸闷，经常心跳快，怀疑白血病变，才考虑骨髓穿刺。以排查确诊有无，以便找出原因。