预后与所感染的病原密切相关.单纯疱疹病毒引起者预后较差.适当锻炼,增强免疫力，保证充足睡眠时间，多喝水,养成良好的饮食卫生习惯,便后,饭前勤洗手,都可有效预防病毒性脑炎。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
手术治疗：手术治疗在小儿脑炎后遗症患儿的临床治疗中占有重要的地位。在各种非手术治疗无效时,手术就成为重要手段。心理治疗：受病情影响，严重影响病情治疗，所以心理治疗很重要。
脑炎后遗症是很严重的疾病，一旦发现此类疾病需要得到好的护理，确保有足够的睡眠避免增加脑炎后遗症发作的可能性。生活中脑炎患者应该有适当运动：不过避免太过剧烈的运动好情绪紧张及压力。
一般是脑炎在经过急性期的积极治疗后，留下不同程度的功能障碍，是由各种病毒引起的一组以精神和意识障碍为突出表现的中枢神经系统感染性疾病。可以去正规的三甲医院诊断治疗。