一般情况下，桥本甲状腺炎甲减主要通过服用左甲状腺素治疗。
桥本甲状腺炎是一种自身免疫性疾病，目前并没有研发出针对病因治疗的药物，主要是支持和对症治疗，保持甲状腺的功能，控制并发症，限制碘盐摄入可能有助于减缓甲状腺组织的破坏。
当出现甲状腺功能减退时，可以给予左甲状腺素治疗，可以改善甲状腺激素的缺乏。
桥本氏甲状腺炎，又称为慢性淋巴细胞性甲状腺炎，它是自身免疫性甲亢疾病比较常见的一种，通常以血液中抗甲状腺过氧化物酶水平的升高为特征，在临床上有一部分桥本氏甲状腺炎，会出现永久的甲状腺功能减退症，在治疗过程当中需要给予药物治疗。
甲减的治疗方法较简单，即补充人工合成的甲状腺激素制剂，符合内分泌治疗原则，即针对性补充。临床多数甲状腺功能减退患者体内甲状腺激素分泌不足，需长期补充甲状腺激素作替代治疗。治疗初期，临床多会先给予患者较小剂量的甲状腺激素，但并不一定是合适剂量，需每4-6周检测甲状腺功能，进而调整甲状腺激素剂量，使血中的甲状腺激素维持在正常的范围内，避免对机体健康造成影响。
一般来讲，桥本甲状腺炎甲功正常，只要定期检查甲状，不需要吃药。
桥本甲亢早期可以给予倍他乐克、心得安等β-受体阻断药。在甲减的早期，可以通过服用左甲状腺素片来改善甲功和症状。饮食方面要做到高蛋白、低脂肪、低糖、高维生素的饮食，尽量不要吃高剂量的碘，多吃新鲜的蔬菜和水果。要有一个好的情绪，有规律的按时休息。注意预防感冒和感染。
甲减的治疗分为轻型病例和严重病例的治疗，早期发现的症状比较轻的情况，主要补充甲状腺素，定期复查甲状腺功能，调整药物剂量，严重病例的甲减，还需要对症治疗，如吸氧、抗感染、改善甲状腺功能减退性心脏病的症状。