通常情况下，治疗慢性肠胃炎的方法是药物治疗。具体情况分析如下：
慢性肠胃炎可以通过在医生的指导下使用敏感的抗生素进行治疗，同时还可以口服抗真菌的药物，比如制霉菌素、二性霉素B等。如果有呕吐和腹泻的症状，可以通过止吐和止泻药物来进行治疗。如果胃酸分泌过多，可以口服质子泵抑制剂、H2受体阻滞剂等。如果伴有消化不良，可以在医生的指导下服用一些促进胃动力的药物。
一般情况下，治疗慢性肠胃炎的药建议使用黄连素、庆大霉术、阿莫西林、胃肠灵等药物，都是可以进行抗菌治疗的。
慢性肠胃炎主要是从生活中多注意，不要吃不易消化的食物，注意饮食卫生，做好腹部保暖，也可以是适当吃些益生菌片。治疗期间患者要注意饮食清淡，适量吃新鲜的蔬菜和水果，保证充足的睡眠，有利于病情的恢复。
良附丸、舒肝健胃丸、肠炎宁片、清中汤、失笑散、保和丸、益胃汤、黄芪建中汤、香砂六君丸等，这些中成药分别对应寒邪犯胃、肝气犯胃、肝胃郁热、湿热壅滞、瘀血内阻、饮食积滞、胃阴不足、脾胃虚寒、脾胃虚弱等疾病所致的慢性肠胃炎。
一般需要辨证用药，否则用药不当，也是无效的。中医内服是一种慢性病，可以针对病人的具体情况进行辨证论治。
肠胃炎通常因微生物感染引起，也可因化学毒物或药品导致。主题要临床表现为腹泻、恶心等。肠胃炎又急性肠胃炎和慢性肠胃炎。两者的发病原因和规律不同，急性肠胃炎的发病速度较快，疼痛较剧烈；而慢性肠胃炎起病缓慢，常表现为无规律的阵发性或持续性疼痛。急性肠胃炎可能与饮食不当、细菌感染引起的；慢性肠胃炎可能和多种原菌感染，过敏。免疫因素等有关。
胃肠炎容易引起拉肚子，腹泻，肚子疼痛，肚子胀，食欲不振等不适症状.细菌性肠炎可用抗生素治疗。因细菌之抗药性逐渐改变，用药时需由医师指导，依医师处方服用。有的病人症状刚刚变好就停药，结果因用药不够，而发生慢性大肠炎，日久不愈，影响小儿之营养及健康。
一般会出现腹泻，大便稀薄，腹痛等症状不同的，孩子会出现不同的症状，孩子身体不舒服，还是应该及早去医院检查进行治疗，孩子的饮食应该均衡营养，少食多餐，不要暴饮暴食，也不要吃一些生冷油腻的食物。