乙脑自费和免费的区别通常是适应证。
乙脑是亚洲最普遍的一种病毒性脑炎，其传染途径主要是由蚊虫和猪组成。在无禁忌的情况下，通常可以免费接种乙脑疫苗。但如果儿童有对硫酸庆大诺素过敏、免疫缺陷、免疫功能减退、或正在进行免疫抑制治疗等情况，可能不适用于免费疫苗，可以自行自费接种乙脑灭活疫苗，以预防感染乙脑，防止影响自身的身体健康。
乙脑疫苗自费比乙脑疫苗免费多了如流感疫苗、水痘疫苗、肺炎疫苗。免费疫苗也叫一类疫苗。是国家通过财政补贴给宝宝接种的疫苗、基本上是国产疫苗、是监护人必须给宝宝接种的，接种费、疫苗费全部是免费的。自费疫苗也叫二类疫苗，是计划外疫苗、没有在国家免疫规范程序内所必须接种的疫苗、供自愿选择的一类疫苗，这类疫苗的接种费、疫苗费都由宝宝的监护人支付。
如果条件好的，可以打免费的，效果可能比较好一些，接种乙脑疫苗的原因是为了预防感染乙型流行性乙型脑炎的，是很有必要给孩子接种的。给孩子接种相关疫苗就可以了，一定要按照疫苗卡上的要求，按时给孩子接种相关疫苗来预防感染。
免费的都是国家规定的基础疫苗，必须要打的，自费的建议可以适当选择，疫苗不是打越多越好的。而且乙脑疫苗是宝宝一岁时才打的疫苗，九个月的宝宝需要打A群流脑疫苗第二针的。
流脑是由于细菌感染的脑膜炎症，乙脑是由于病毒感染的脑实质的病变，也就是大脑炎。两种疾病所使用的药物是明显不同的，流脑通过自己的治疗，会完全康复的，大脑炎的病症比较严重，通过治疗部分患者，未留有后遗症状。
乙脑（减毒）疫苗和乙脑疫苗的区别，疫苗是一种病毒，而乙脑疫苗中的细菌经过技术处理完全丧失活性，而乙脑减毒疫苗仍保留一定的毒力但不足以致病，但缺点是免疫缺陷的人接种可能会导致意外，所以理论上灭活疫苗安全性更高，减毒疫苗免疫效果更好。
