脑干梗塞是最严重的脑梗塞，严重时会有生命危险。在急性期行溶栓，抗凝，抗血小板聚集，降颅压，减轻脑水肿，扩张血管，改善微循环，营养脑细胞，吸氧，维持生命体征。昏迷患者要做好呼吸道清洁、吸痰、做好护理、经常翻身拍背、做被动的肢体活动，预防肺部感染、下肢血栓形成、褥疮等并发症。在病情稳定后，要积极进行康复训练，以促进其各项功能的恢复。在日常生活中要注意控制脑梗塞的危险因素，避免再次发生。
脑干急性脑梗塞可以通过以下方式进行治疗：
脑干急性梗死，通常会有较重的表现。大动脉阻塞会造成梗阻，造成患者的生命危险，因此必须要进行有效的处理。在早期，达到了溶栓指征，可以采用阿替普酶进行溶栓，使其重新开放。也可以通过做脑血管造影来明确脑血管的狭窄位置，通过血管内介入治疗，或是通过外科手术来减轻症状。可以口服阿托伐他汀和阿斯匹林肠溶片。
主要应用血栓通等活血药，配合阿司匹林等抗血栓药物，配合针灸理疗及康复锻炼。高血压应积极治疗脑梗塞，尤其是有腔隙性梗塞史者，需防止复发，注意压力不宜过快或过低。急性期原则是尽快改善脑缺血区血液循环，促进神经功能恢复。
一般情况下，脑梗塞昏厥可以应用醒脑静、复方麝香和清开灵注射液，同时给予神经保护治疗，常用的药物有胞二磷胆碱、脑蛋白水解物、奥拉西坦和吡拉西坦。
脑梗塞昏厥与大脑的血液供应不足有关，而意识障碍则与新发的急性脑梗死有关，说明脑细胞受损的程度较高。因此，要做好颅内核磁共振和脑部造影术，才能判断出脑梗的严重性。
小脑梗塞可以通过药物治疗、手术治疗等方式治疗。
小脑梗塞是指小脑局部供血障碍，导致脑组织缺血缺氧，进而导致脑组织不可逆的损伤，主要有头晕，恶心呕吐等症状。患者可以遵医嘱使用辛伐他汀、瑞舒伐他汀等药物进行治疗，如果梗塞明显加重，压迫脑干，此时需考虑手术干预。患者应该注意规律作息，避免熬夜，注意休息，保持清淡饮食。
