对于中枢神经系统的感染，要进行长期的、持续的治疗。首先要明确病因，根据病因采取相应的药物，并给予支持和对症治疗。
一、总体治疗
1、抽搐的患者可以服用镇痛药。
2、高热者可服用解热剂或物理降温；保证呼吸顺畅，避免大脑缺氧。
二、药物疗法
二、手术治疗1、头孢曲松、头孢噻肟、万古霉素：如果病因不明，可以选择头孢曲松、头孢噻肟+万古霉素进行抗感染。如果确诊为细菌感染，可以选择敏感的抗生素。
2、阿昔洛韦：阿昔洛韦是抗病毒药物的首选药物，通常是静脉滴注，第一次使用10-21天，视病情轻重而定。
3、异烟肼：结核病的首选药物为异烟肼，早期、联合、足量、长期、顿服。在治疗过程中要密切观察肝内的酶活性。
4、两性霉素B：一般是由隐球菌感染所致，需要进行抗菌药物的治疗，注意多途径用药，两性霉素B是常见的，但维生素B1、维生素B6、维生素B12等能促进隐球菌的增殖。
对于这种疾病，没有特殊的外科治疗方法。
一般情况下，中枢神经系统感染（CNS）是由多种病原微生物破坏大脑或脊髓实质，被膜和血管所导致的一种炎症性疾病。
中枢神经系统感染可以导致中枢神经系统感染微生物有病毒、细菌、螺旋体、立克次体、朊蛋白等。常见有金黄色葡萄球菌、乙型溶血性链球菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、肺炎双球菌、变形杆菌、克雷伯氏菌、沙门氏菌和其他一些病原体等，其中以金黄色葡萄球菌最多。按部位分为脑炎、脊髓炎、脑脊髓炎等，通常这类病原微生物进入中枢神经系统有3种方式，即血行感染、直接感染和神经干逆行感染。所以一旦有发烧、头痛、痉挛、四肢麻木、乏力、言语障碍等中枢神经系统感染征象时，应马上去医院检查。
中枢神经系统感染后果是可能会造成偏瘫，言语障碍，智能障碍，记忆力计算力功能出现失调等。不同的感染类型会造成不同的后果。中枢神经系统的传染病可分为由病毒、细菌、立克次氏体、螺旋体、真菌、寄生虫等引起的疾病。
中枢神经系统感染是各种生物体或病原体，侵犯中枢神经系统，引起炎症的疾病。根据感染的部位，感染的病原体，发病情况等可有多种分类。病原体感染一般通过血行感染、直接感染、神经干逆行感染等方式。多为急性发病，病后数日或数周到高峰，常有发热等全身感染症状。主要造成脑、脊髓或脑脊髓膜等中枢神经系统弥散性损害，主要与病菌数量和人体免疫功能有关。
中枢神经系统感染主要是因为病毒、细菌、真菌或者是寄生虫侵害了中枢神经系统，所以导致脑内的功能出现紊乱。情况还是比较严重的，比较容易引发病毒性脑炎，进而出现长时间的头痛，情感淡漠或者是迟钝现象。也有一些人会出现幻听，幻视以及妄想的症状，影响患者的自知力。
中枢神经系统感染首先要确定是什么性质的，需要确定是细菌性，病毒性，结核性，还是真菌性，根据不同类型对症抗感染治疗，同时要注意降颅内压处理，保持呼吸道通畅，维持水电解质平衡。