巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
可以的，巧克力囊肿（巧囊）是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间病人一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。
以清淡为主，食用富含营养的物质，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜食用刺激性、海产品等。巧克力囊肿手术之前应该做足术前准备，先提前冲洗阴道，然后积极消炎，防止术后感染，要空腹做手术，要在月经干净后3-7天后做手术，手术之前应该禁止性生活，保持心情良好。