发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
巧克力囊肿是由内分泌因素引起，这是常见的病因。卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要，囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。也可能因长期久坐造成，由于长期久坐或姿势不佳，月经前及月经期常有剧烈疼痛，导致经血逆流入输卵管、卵巢，引起下腹痛、腰痛，尤其有厉害的经痛，此即所谓巧克力囊肿。
原因有很多比如，慢性炎症刺激，也有一些环境因素影响，还有生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降。、内分泌因素等，都会引起。需要及时治疗，多注意休息，劳逸结合，避免不必要的检查，注意卫生。
巧克力囊肿约25%病人无症状，有症状者表现下腹痛、继发性痛经进行性加重、不孕等，该疾病不孕率高达40%。新婚，未生育，有生育要求，巧克力囊肿大小5厘米，建议手术治疗，因术后复发率高，所以术后要尽早备孕，术后可以到正规医院生殖中心进行指导备孕。
巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症造成的，有活性的子宫内膜种植在卵巢上，随着月经周期的变化而变化，但是增殖脱落的子宫内膜和血排不出来，久而久之就形成脓肿。会出现不孕，痛经为主要症状。