巧克力囊肿应该在中医指导下服用中药治疗。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常，不需要进一步治疗。如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜疾病的一种，现在临床针对此种疾病，多采取根治治疗，即直接手术治疗。根据病患目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，有生育要求，可行囊肿剥离术加卵巢成形术。
巧克力囊肿晚期可以通过中医医治，中医更平和，没有副作用，平时要注意提高生活质量，减少部分的并发症，饮食上要清淡一些，不要吃过于辛辣的食物，平时还要注意休息，保持良好的心态。