手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
要常吃碱性食物以防止酸性废物的累积，因为酸化的体液环境，是正常细胞癌变的肥沃土壤，调整体液酸碱平衡，是预防肿瘤的有效途径。养成良好的生活习惯，不吸烟，不饮酒。不要过多地吃咸而辣的食物，不吃过热，过冷，过期及变质的食物。
该因素是常见的卵巢囊肿的病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。所以认为与内分泌失调有关。另外，来例假时生气，一生气例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
是能治好的，但目前巧克力囊肿除了手术外，尚无一种理想的治疗方法。无论是药物治疗抑或保守性手术均有相当高的复发率。要想治好还是得找到源头去切除。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病较好的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的选择。
巧克力囊肿的治疗可以通过药物或手术来治疗。到目前为止，还没有理想的治疗术。无论是药物治疗还是保守治疗，都有很高的复发率。因此，应根据年龄、症状、体征、病变情况和生育要求进行选择，并强调个体化治疗。
做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。
