巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
孩子可以要，怀孕以后受体内激素影响，囊肿有继续长大的可能，适当休息，不要进行剧烈活动，加强营养，不要吃辛辣刺激性食物，不要吃垃圾食品，不要吃烧烤食物和霉变食物，精神放松，定期复查，密切关注宝宝，发育情况正常就不用担心了。
3-6个月。做完巧克力囊肿手术之后，子宫和附件还没有完全恢复，要注意休养一段时间。手术后，建议至少三个月在怀孕，让伤口有很好的修复，另外巧囊手术后半年到一年怀孕几率还是比较高的。
巧克力囊肿一般是会影响怀孕的，但是有的人也能怀孕，如果夫妻双方其他检查都没有问题，仅发现存在卵巢巧克力囊肿，有可能就是影响怀孕的主要因素，就要考虑是否做手术将巧克力囊肿切除掉。
一般手术三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。建议平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。
