导致子宫内膜薄最常见的原因是手术造成的宫腔粘连，内膜的损伤在修复过程中会导致内膜之间形成纤维性的连接，90%以上的宫腔粘连是流产后刮宫的结果，表现为月经量少以及胚胎种植失败，也会导致复发性流产、早产、胎盘粘连等，同样，各种宫腔内操作包括电切及子宫整形术如纵膈、双角子宫等术后均可能造成宫腔粘连，导致子宫内膜变薄。
子宫内膜薄，主要是卵巢功能不好引起的。卵巢主要是分泌体内的各种性激素。内膜主要是靠卵巢分泌的雌性激素来增长。一般需要调理3到6个周期，平时营养丰富，饮食搭配合理忌吃辛辣油腻食物。
导致子宫内膜薄的原因有全身性的，常见的原因有雌激素水平低、孕激素水平不足和存在排卵障碍和缺乏生长激素等，也有局部的原因，例如内膜损伤，粘连和缺如等，在人工流产后，子宫内膜尚未恢复，也会导致子宫内膜薄。
子宫内膜薄一般会影响受精卵着床，不能怀孕，即使是怀孕以后也会引发先兆流产。子宫内膜薄原因很多，先查找原因，经过对症治疗以后，月经周期规律，卵泡发育正常并排卵，子宫内膜达到8到10毫米是可以正常怀孕的。子宫内膜在月经的不同时期，内膜厚度是不完全相同的，子宫内膜薄，考虑内分泌紊乱，用促排卵药物，监测排卵，指导性生活试怀孕。
妇产科经常性的宫腔操作本身就可能损伤子宫内膜，操作不当可能造成永久性不可逆的内膜伤害，有人工流产史，人工流产手术不当，子宫内膜搔刮过度、人工流产后继发感染均可能导致子宫内膜永久性损伤，形成日后的薄型内膜。急性或慢性宫腔感染均可导致子宫内膜基层的破坏。
