通常情况下，卵巢囊肿分类有炎性囊肿、巧克力囊肿、畸胎瘤、功能性囊肿等。具体分析如下：
1.炎性囊肿：盆腔炎性刺激的炎性囊肿，会出现下腹部的持续疼痛，应用抗生素治疗后炎症消退，囊肿缩小。
2.巧克力囊肿：是子宫内膜异常增生到卵巢引起的巧克力囊肿，这种囊肿会有持续性，进行性加重的痛经表现，卵巢内会有大量粘稠咖啡色像巧克力一样的液体。
3.畸胎瘤：是特殊的囊肿，需要手术剔除。
4.功能性囊肿：功能性囊肿，一般没有症状，自行消失。
卵巢囊肿有生理性和病理性区分，一般生理性不需要治疗，病理性卵巢囊肿需要药物保守或者是手术治疗。可以遵照医嘱定期复查观察囊肿的情况，注意休息，不要做剧烈运动。配合治疗，注意忌口。
卵巢囊肿的分类有，功能性囊肿，这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍，但这类囊肿通常会在月经来潮时消失。子宫内膜炎囊肿，这类囊肿含有凝固的血块，颜色如巧克力一般，因此也俗称巧克力囊肿。
卵巢肿瘤组织学分类是上皮性肿瘤、性索间质肿瘤、生殖细胞肿瘤和转移性肿瘤等不同类型，上皮性肿瘤分为浆液性、粘液性、子宫内摸样、透明细胞中肾样纤维上皮瘤等很多类型。
卵巢囊肿的体积在3.0厘米以内的一般多考虑是生理性囊肿，体积在3.0厘米及以上时应该都是病理性的，生理性囊肿有可能自行消失，病理性的则需要适当的治疗，病理性囊肿的临床症状因人而异，有可能完全没有症状，也有可能出现腹痛，腹胀，月经失调等。因为卵巢囊肿经过治疗还是都是可以痊愈的。
卵巢生理性囊肿时，大多没有明显的自觉症状，只是在查体时偶尔发现。病理性囊肿症状主要依据肿瘤的大小、肿瘤的部位，以及是否伴有其他内分泌方面的改变。有部可能没有明显的自觉症状，而部分则表现为下腹坠胀不适、下腹痛、月经异常、阴道流血淋漓不断、痛经。
