B超发现卵巢囊肿，一定要医生当时明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的，b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。因为子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，主要是子宫内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿。治疗的方法只有手术或者是绝经疗法来治疗。巧克力囊肿手术以后，为了防止复发，术中会冲洗盆腔，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
巧克力囊肿有药物治疗和手术治疗两种。巧克力囊肿需要根据病人的具体病情，进行针对性的治疗，目前此病可以采用药物治疗，除此之外，还可以通过手术治疗，包括保留生育功能手术，保留卵巢功能手术。
早期的巧克力囊肿一般采取保守的治疗，但是手术治疗能够达到治疗的目的，先试着保守治疗，看看病情能否控制，非常注意个人卫生，月经期间防止经血逆流，慎服避孕药。建议中药调理一段时间，注意均衡营养，观察排卵情况再要孩子。
中医治疗卵巢巧克力囊肿是遵循治病求本的原则，以疏肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒为治疗思路。由于气血是肌体的物质基础，而脏腑为气血生化之源，分管气血的生成、统摄和运行。
有痛经的症状，并且月经不调，不能排除巧克力囊肿，或者子宫腺肌症，去医院做B超检查，看是巧克力囊肿还是子宫腺肌症，如果是巧克力囊肿，做一个可视针吸治疗，把巧克力液抽出来，注入硬化剂，这样巧克力囊肿就会吸收，如果是子宫腺肌症，可以上吉妮环治疗。巧克力囊肿又叫子宫内膜异位症，就是说子宫内膜组织出现在了子宫体以外的地方了。本病的发病机制还尚不清楚。常见的症状是下腹痛、痛经、性交不适和不孕等。有些病人无症状。治疗应根据病人的年龄、症状、病变范围以及对生育要求等情况全盘考虑。
