复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，主要是子宫内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿。治疗的方法只有手术或者是绝经疗法来治疗。巧克力囊肿手术以后，为了防止复发，术中会冲洗盆腔，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
该因素是常见的卵巢囊肿的病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。所以认为与内分泌失调有关。另外，来例假时生气，一生气例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
