正常卵巢囊肿不治疗，自己好的可能性很小，特别是年轻女性激素活动频繁，更降低囊肿的自愈几率。如果不治疗可能会变大，卵巢囊肿万一变大，就可能使下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。
囊肿都是一个良性的疾病，一般不需要特殊的治疗，定期复查就可以了，超过五厘米的情况下，才建议手术治疗，手术可以采用微创手术，微创手术的治疗效果好，创伤小，恢复快等优点。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起。正常的子宫内膜组织出现在盆腔的地方。随着月经周期的变化，异位的子宫内膜会出现出血，引起局部包块。因为包块内容物是褐色的，所以叫巧克力囊肿。子宫内膜异位症主要是可以引起月经的紊乱，引起严重的痛经症状。
一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢部位发生的一种病变，会出现腹痛和痛经，应及时到正规的医院检查和治疗，在治疗期间要注意少食辛辣食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
