正常卵巢囊肿不治疗，自己好的可能性很小，特别是年轻女性激素活动频繁，更降低囊肿的自愈几率。如果不治疗可能会变大，卵巢囊肿万一变大，就可能使下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。
巧克力囊肿不治疗会严重。临床上，巧克力囊肿以良性居多，很少会病变。早期巧克力囊肿无明显症状，要是不重视巧克力囊肿治疗，病情的发展，是会引发痛经、不孕等各种痛苦，同时也会增加治疗的难度，一定要做到早期控制。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
首先肯定的是巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。如果发生，那么可采用手术治疗。保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
巧克力囊肿会对孕育产生很大的影响，要到医院进行检查和治疗。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。这种症状是要进行治疗的。
是良性的就不用治疗吗，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种临床表现方式，如果严重了，影响了排卵，或是导致输卵管梗阻就会影响怀孕。可以先到医院妇科进行孕前检查，如果没有大的问题，可以先备孕。临床上，备孕一年不孕的，才需要全面检查。
