卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
中医可以治疗卵巢囊肿，中药用药促进卵巢囊肿的消散或者吸收，在中药治疗卵巢囊肿的过程中，采用攻补兼施的方法，运用平和的扶气之品，配合活血化瘀，要用峻猛的药品，达到攻补兼施，不能攻伐太过的作用。
卵巢囊肿中医能治好，中医认为卵巢囊肿是由于脏腑功能失调，气血流通不畅，累及血海功能。中医治疗卵巢囊肿根据这一病因，运用活血化瘀，软坚散结，利湿祛痰，消积行气的治疗原则和系列方药，对症分型，辩证施治。
以用中药来治疗，促进卵巢囊肿的消散或者吸收，在中药治疗卵巢囊肿的过程中，采用攻补兼施的方法，运用平和的扶气之品、配合活血化瘀；要用峻猛的药品，达到攻补兼施，不能攻伐太过的作用。
如果是单纯性卵巢囊肿，通常用中药治疗。首先，应该进行全面的检查。根据检查结果、囊肿的大小和囊肿的位置，应进行选择方案。如果卵巢囊肿的直径小于5厘米且不是肿瘤，则大多是功能性囊肿，可以用中药治疗，密切随访，每2-3个月检查一次，然后根据情况调整检查间隔。
