超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
卵巢巧克力囊肿是卵巢囊肿的一种，是妇科常见的良性肿瘤。需去正规医院的妇科做彩超检查明确诊断。可以做卵巢囊肿微创手术。卵巢巧克力囊肿可以用腹腔镜手术治疗，平时要多注意休息，注意个人卫生。
一般如果卵巢巧克力囊肿直径小于六厘米，可以暂时不予治疗，但是要按时复查，防止进一步变大。重要的是做好计划生育，减少流产次数。卵巢巧克力囊肿可以通过腹腔镜检查、腹部平片、造影等方法进行诊断，当发生破裂时，可能造成比较严重的后果，所以应立即进行手术治疗。
痛经，经月到流到卵巢，诱发腹痛，盆腔炎加重可以中医治疗，用清热的药！囊肿里就是黑色的于血，大多数手术后，粘连严重，术后还有复发的可能，需要再次手术巧克力囊肿达到3.0x2.0厘米建议手术治疗！需要在腹腔镜下切除，微创，手术损伤小，但费用高，约2万。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
