巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症造成的，有活性的子宫内膜种植在卵巢上，随着月经周期的变化而变化，但是增殖脱落的子宫内膜和血排不出来，久而久之就形成脓肿。会出现不孕，痛经为主要症状。
右侧卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变形式。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内激素的影响，每月脱落一次形成月经。倘若月经期脱落的子宫内膜碎片经输卵管进入女性盆腔，极易形成卵巢囊肿，由于其陈旧性血呈褐色，故常常称之为“巧克力囊肿”。
可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。应坚持随访并争取尽早怀孕对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的。如果囊肿较大超过5厘米，需要行手术治疗。手术后要适当下床活动，防止肠黏连，同时要加强营养，增加蛋白质的摄入，有利于伤口的愈合，平时要加强个人卫生，保持会阴部清洁干爽。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的。子宫肌瘤可能和内分泌有关。治疗有保守和手术两种方法，保守疗法一般是考虑中医中药的方法的。可以通过手术切除，同时也可以通过中医辨证论治，服用清热利湿的药物治疗，同时注意饮食，不要食用辛辣热气的食物。
