会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
巧克力囊肿一般是会影响怀孕的，但是有的人也能怀孕，如果夫妻双方其他检查都没有问题，仅发现存在卵巢巧克力囊肿，有可能就是影响怀孕的主要因素，就要考虑是否做手术将巧克力囊肿切除掉。
右侧卵巢巧克力囊肿是对怀孕有影响的，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。对有生育要求的女性，采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，可以采用保守性手术，如腹腔镜手术，以保留正常卵巢和生育功能。如果年龄较大且无生育要求的女性，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
3-6个月。做完巧克力囊肿手术之后，子宫和附件还没有完全恢复，要注意休养一段时间。手术后，建议至少三个月在怀孕，让伤口有很好的修复，另外巧囊手术后半年到一年怀孕几率还是比较高的。
