畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
首先畸胎瘤是肿瘤，是恶性的肿瘤。而巧克力囊肿是有良性的。去正规专科医院或正规医院专科诊断做个四维彩超，详细检查，对症治疗，遵医嘱，仔细配合医生治疗。平时多休息，锻炼身体，提高免疫力。不要乱用药。
女性应注意饮食调护，还要加强营养，应该适量吃清淡、易消化、营养的饮食，比如白菜、瘦肉、鸡肉、芦笋、芹菜、鸡蛋、鲫鱼等，或是新鲜蔬菜和水果，从而保持大便通畅；还应该多饮水，防止合并尿道感染，同时避免辛辣、刺激性食物的摄入，不可以吃煎烤、油腻、辛辣的食物，还不能吃辣椒、麻椒、生葱、生蒜、白酒等刺激性食物。
畸胎瘤起源于潜在多功能的原始胚细胞，多为良性，但恶性倾向随年龄增长而呈上升趋势，部分畸胎瘤可以恶变，由未分化成熟组织构成的畸胎瘤属恶性，呈浸润性生长。子宫肌瘤又称子宫平滑肌瘤，是女性生殖器最常见的一种良性肿瘤，子宫肌瘤的发生与长期的雌激素含量过高导致内分泌失调有关。
畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
