巧克力囊肿比较大，破裂，或有不舒服的症状，需要手术治疗。手术方法有两种，一种是开腹手术，一种是腹腔镜手术。建议情遵照医嘱治疗，术后少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，避免受凉，避免熬夜，定期复查。
巧克力囊肿微创手术是在腹腔镜下做的手术。全身麻醉成功后，在腹部打3-4个小孔，约0.5-1.5公分，充入二氧化碳气体，再行手术治疗。手术的方式是因年纪、症状、有无生育要求、内异症分期等来综合考虑的，分为保留生育功能手术、保留卵巢功能手术。手术结束后，再放掉充入的气体。
生长在卵巢的巧克力囊肿，囊壁常常很糟脆，在手术分离过程中，几乎没有不发生破裂的。这一特点提示巧克力囊肿可能具有一种自发破裂的倾向，实际情况也是如此。囊肿破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并与周围组织形成粘连；如果破口较大，则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎，造成致命的后果。
手术后2个月内复查。如果你想检查卵巢囊肿，通常在月经干净后通过b超检查。与上一个结果相比，是否有渐进增长。如果典型的卵巢子宫内膜异位症囊肿可以通过病史、妇科检查结合B超诊断，但这不是金标准。其实有些卵巢子宫内膜异位囊肿的诊断比较困难，甚至需要腹腔镜诊断。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
