囊肿可以是生理性的或病理性的，生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。病理性的巧克力卵巢囊肿是由于疾病而形成的囊肿。到医院检查治疗，囊肿直径大于5厘米，一般需要手术治疗。如果比较小可以用药物治疗一下，定期做好复查的。
手术后2个月内复查。如果你想检查卵巢囊肿，通常在月经干净后通过b超检查。与上一个结果相比，是否有渐进增长。如果典型的卵巢子宫内膜异位症囊肿可以通过病史、妇科检查结合B超诊断，但这不是金标准。其实有些卵巢子宫内膜异位囊肿的诊断比较困难，甚至需要腹腔镜诊断。
临床表现是痛经，是子宫内膜异位最明显的症状，也是最容易被忽略的先兆，呈进行性的加重。另外一个症状是性交痛，这也是一个非常明显的信号，可能还会伴有点状的出血，卵巢的巧克力囊肿症状并不是十分的明显。
输卵管巧克力囊肿的表现，痛经：这是巧克力囊肿的主要症状。月经不调：月经过多，月经血量多，也是巧克力囊肿临床常见症状之一。性生活痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
