需要三个月左右才能治好。巧克力囊肿是子宫囊肿的一种，属于良性病变，会伴随有增生、转移、复发等情况的出现，而且会造成痛经、月经失调等，因此建议还是及早治疗比较好，需要服药三个月左右进行巩固治疗，另外需要随时复查。
对于巧克力囊肿能需要治疗多久是要看个人的情况的，每个人的体质不同，时间也就不同。平时要注意自身保暖，经期，禁止激烈体育运动及重体力劳动，在月经期或月经中期一定要注意保持情绪稳定，避免过度劳累。情况严重时要手术进行治疗。
一般就是一年到两年左右。中医认为巧克力囊肿主要是由于气血亏虚，湿热邪气结聚所致，一般药物很难治好的。西医主要采取手术治疗，会造成一系列后遗症。中医中药长期临床实践积累了很多非常独特的治疗方法，奇效实用，省钱方便。
巧克力囊肿治疗分为中医保守治疗和西医治疗这两种方法，西医治疗是经过手术治疗，在全麻下行手术治疗，手术时间2小时左右。中医保守治疗虽然比较慢，但是不会产生衍生症。
一般卵巢巧克力囊肿就是子宫内膜异位症导致的，另外巧克力囊肿住院治疗应是看看大小的，一般的手术需要住院，大于5cm需要积极手术。调养气血。手术需要保养，住院1-2周比较好的。注意调养生活的习惯，忌辛辣的食物。
巧囊是子宫内膜异位症的一种，一旦发现，临床原则是手术治疗。巧囊属于两性病有向恶性发展的机率，有些人会出现痛经、性交痛、月经血块，一般来一次月经会加重一次病情，甚至还会影响生育。现代医疗水平先进，直接用微创术，在腹部0.5CM小切口，入院到出院三至五天，将巧囊剥离，再在术中用药物及生物防粘膜，这样可以不再复发。及时治疗不会影响。
