确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
巧克力囊肿是妇科当中比较常见的现象。巧克力囊肿会出现的危害，造成女性月经不正常：很多女性出现月经不调的症状，还有些女性还会出现腹痛、性交痛等症状，都会给女性造成很大影响，因为巧克力囊肿引起囊肿的破裂，就会使得盆腔内积血，造成剧烈的腹痛，造成弥漫性腹膜炎：因为女性不及时治疗导致囊肿破裂，小破口就可能和周围组织形成粘连，但是如果破口大，就可能使得巧克力样液流入腹腔，刺激周围的腹膜，造成弥漫性腹膜炎。
巧囊是由于子宫内膜异位症引起的，子宫内膜异位症的多是有比较严重的痛经的，如果是由于出血引起的盆腔内有明显的粘连，可鞥会引起继发性不孕症的，所以说应该进行系统的治疗。
巧克力囊肿如果破裂会出现的疼痛特别剧烈，难以忍受。囊壁一破开，里面大量的是巧克力样的陈旧性积血比较黏稠，一旦这种囊液破裂流到腹腔里，对腹膜刺激是非常明显的，病人就会出现剧烈腹痛，急腹症的表现，难以忍受的这种痛。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
