治疗方法有药物治疗和手术治疗两种。药物治疗一般是通过激素类药物来进行治疗，另外避孕药和中成药对子宫内膜异位也有一定的疗效。手术治疗是指直接将病灶切除，但术后也需要药物治疗来补充巩固疗效。
药物治疗，年轻的女性有痛经，查体，盆腔无明显包块，给予短效的口服避孕类的药；腹腔镜手术治疗，年轻的女性有生育要求或盆腔检查，卵巢包块较大，建议采用腹腔镜手术，保留正常的卵巢功能。
子宫内膜异位症在功能上随雌激素水平而有明显变化，即随月经周期而变化，但仅有部分受孕激素影响，能产生少量“月经”而引起种种临床现象。病人如受孕，异位内膜可有蜕膜样改变。这种异位内膜虽在其他组织或器官内生长，但有别于恶性肿瘤的浸润。
子宫内膜异位可以采取以下方式进行锻炼。
1、术前：子宫内膜异位病有发生破裂的危险，如果做的比较大，有些病人可能会发生翻转。所以，大的囊，要尽量不要做太激烈的运动，但是一般的游泳、慢跑是可以的。
2、手术后的一个多月，也就是在恢复的这段时间里，尽量不要做太大的运动，在恢复期之后不要做运动，可以参加跑步、跳、游泳等各种运动。
子宫内膜异位症，中医治疗主要是抑制疼痛，减轻痛经，主要还在于缓解症状，而不是彻底治疗。对于严重的子宫内膜异位症，使用西医西药效果好点，因为子宫内膜异位症也属于雌激素依赖性的一个疾病。如果体内雌激素低的时候，内膜异位症就会萎缩缓解。
腹腔镜手术治疗，年轻的女性有生育要求或盆腔检查，卵巢包块较大，建议采用腹腔镜手术，保留正常的卵巢功能。根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。
