卵巢囊肿的诊断往往因肿瘤的大小、性状不同而有难易之别，详细询问病史时不仅注意生殖器官，并需注意全身情况与其他重要器官的有关病史；结合临床表现与体检，除注意肿瘤本身的特征外，尚应了解全身情况，故不仅妇科检查，而全身检查，特别是腹部检查亦极重要。
女性一般会出现下腹不适感的症状，腰围无征兆性的增粗，衣服腰围变小，且触及腹部有肿物。伴随着相应腹胀不适等，都应警惕卵巢囊肿。还会感觉到食欲不良，体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐，发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。
B超检查有卵巢囊肿以及确认卵巢囊肿的大小，如果确实存在，直径大于5cm的囊肿需要手术治疗。如果直径小于5cm，则可以进观察囊肿的大小变化，配合中成药来帮助治疗。若需要做手术，卵巢囊肿可以用腹腔镜的手术方式来解决。想要了解囊肿的性质，则需要根据术后的病理结果来进一步确认。
囊肿有非赘生性囊肿如滤泡囊肿、黄体囊肿、黄素化囊肿、子宫内膜异位囊肿等。也有浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤、畸胎瘤等赘生性囊肿，早孕伴有囊肿非赘生性囊肿可能大，小于5cm的不必担心。可以检查CA-125等肿瘤标记物判断良恶性。
孩子出现了囊肿也可能生理性的，建议看看是否腹痛的情况，或者注意减少剧烈活动，平时建议多吃清淡等食物，控制垃圾食品等，多进行有氧运动等，安排一段时间积极复查，如果没有吸收的情况还是建议选择微创手术等，看一下是否有月经初潮的。
