卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
多囊卵巢和卵巢囊肿相比，多囊卵巢更为严重。是因为多囊卵巢属于内分泌疾病，常常是由于遗传因素和环境因素相互作用导致的，由于卵泡不能正常生长发育和排出，因此就会导致女性出现月经失调、面部痤疮，甚至肥胖等其他并发症，还可能影响女性的生育功能。卵巢囊肿可能是生理性囊肿，也可能是普通的卵巢囊肿，或者是子宫内膜异位症导致的卵巢巧克力囊肿这些疾病通过手术治疗以后往往都可以治愈，而且不容易影响女性正常受孕。
如果囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤，多为功能性囊肿，可以2-3个月检查一次，以后再调整检查间隔时间。若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，需要手术治疗。而手术治疗，可以选择宫腹腔镜微创手术。
当囊肿影响到激素生产时，可能出现诸如阴道不规则出血或毛体增多等症状，较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。到三甲医院检查治疗，卵巢巧克力囊肿又称卵巢内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症中最常见的一类。卵巢巧克力囊肿的女性主要可表现小腹疼痛、小腹不适、白带异常、月经失常，有时性交会发生疼痛。
卵巢囊肿有生理性和病理性的生理性卵巢囊肿直径不会超过五厘米，并且超声检查图生性就好，没有异常血流信号或者是分隔带等。所以要看囊肿的性质，如果是生理性卵巢囊肿是由于内分泌失调导致的，多数可以自行消失，不需要进行处理。