新生儿有多种疾病，如消化系统、肺系统、心血管系统、内分泌系统、神经系统和其他各系统均可发生，还可属呼吸道类系列疾病。
比如，新生儿呼吸道感染、新生儿发生肺炎、呼吸道疾病，如新生儿窒息和羊水吸入综合征。新生儿疾病的发病率较高，对患儿的生命健康危害较大，因此要加强对于新生儿疾病的预防工作。新生儿疾病较多，需抓紧预防。孕妇需要在孕期定期产检。
新生儿常见的疾病有新生儿窒息、新生儿缺氧缺血性脑病、新生儿颅内出血、新生儿胎粪吸入综合征、新生儿呼吸窘迫综合征、新生儿黄疸等。
1.新生儿窒息：指新生儿出生后1分钟内不能建立正常自主呼吸，出现缺氧并导致全身多脏器损伤。
2.新生儿缺氧缺血性脑病：指围生期窒息引起的部分或完全缺氧、脑血流减少或暂停，导致胎儿或新生儿脑损伤。
3.新生儿颅内出血：常因缺氧或产伤引起，常见的症状有激惹、嗜睡或昏迷、呼吸增快或减慢等。
4.新生儿胎粪吸入综合征：是由胎儿在宫内或产时吸入混有胎粪的羊水导致。
5.新生儿呼吸窘迫综合征：是因肺表面活性物质缺乏所致，以生后不久出现呼吸窘迫并进行性加重为特征的临床综合征。
6.新生儿黄疸：因胆红素在体内积聚引起的皮肤或其他器官黄染，分为病理性和生理性两类。
新生儿没有具体多少种疾病，常见的新生儿疾病包括了新生儿臀炎、新生儿黄疸、新生儿泪腺炎、新生儿肺炎、新生儿脐炎、新生儿泪囊炎、早产儿视网膜病变、新生儿颅内出血、新生儿窒息、脑膜炎、新生儿湿疹等。也有少部分新生儿存在先天性遗传性疾病或者先天内分泌异常性疾病，建议孩子出生之后积极进行筛查，并且在医生的指导下积极帮孩子做好防治措施。
新生儿营养方面的疾病主要有以下几种：
一、营养不良:测定腹壁皮下脂肪厚度，在锁骨中线平脐处，营养不良皮下脂肪消减是以腹部、躯干、臀部、四肢、面颊的顺序进行的。按供热能计算，蛋白质、脂肪、糖类种产能营养素的比例是:蛋白质15%，脂肪35%，糖类50%。
二、佝偻病:非特异性神经精神症状是其早期表现，如烦躁、激惹、睡眠不安、夜间啼哭、汗多，尤其头部会摇头擦枕、枕秃，血磷、血钙、碱性磷酸酶正常。
三、手足抽搐:幼儿期多见，双手腕弯曲，足关节伸直后足趾强直下曲，足底弓状，手指伸直后拇指内收贴近掌心。
新生儿疾病筛查是指通过血液检查对某些危害严重的先天性代谢病及内分泌病进行群体过筛，使患儿得以早期诊断，早期治疗，避免因脑、肝、肾等损害导致生长、智力发育障碍甚至死亡。检查项目一般包括苯丙酮尿症、枫糖尿症、组氨酸血症、半乳糖血症等。对阳性可疑病例，则进行复查，若仍为阳性则需要进行反馈。在检查前，建议按摩或热敷婴儿足跟，使其充血。