小儿慢性肠炎一般不能自愈。
小儿的抵抗力一般都很弱，所以一旦出现了慢性肠炎要及时的进行相应的处理。如果是由于细菌感染引起的肠炎，可以在医生的指导下口服头孢类的抗生素，同时还可以口服止泻、镇痛等。
如果小儿出现反复发热可能是因为病毒感染导致的，需要给予患儿进行退烧，口服一些有益于健康的益生菌，还需要补充一些电解质。
在这个过程中要吃的东西要清淡，要注意保暖。
通常情况下，慢性肠炎不能自愈。具体情况分析如下：
慢性肠炎是指由多种因素引起的肠道黏膜的慢性炎症，患者一般表现为长期或反复发作的腹痛，肠道菌群失调后可诱发反复感染导致慢性肠炎，慢性肠炎患者如果不及时进行治疗，可能会加重患者的病情，因此慢性肠炎不能自愈。
建议慢性肠炎患者可以按照医嘱服用复方颠茄氢氧化铝片、布洛芬缓释胶囊、颠茄片等药物进行治疗。
小儿慢性肠炎可以通过饮食和药物来进行调理。
1、饮食调理：宝宝平时要吃清淡易消化的食物，可以多吃小米粥、烂面条、鸡蛋羹等，帮助消化，缓解肠胃的不适。父母不能强制孩子吃东西，要按时、定量地吃。
2、中药调理：小儿康颗粒、醒脾养儿颗粒、加味保和丸等都是可以治疗小儿脾胃的疾病，但是要在医生的指导下使用，尽量不要擅自使用，以免出现副作用。
孩子患上了肠炎要不要看病情的严重性，如果孩子患上了肠炎，症状并不是特别的严重，只要经过及时的处理，就会迅速康复。但如果是重度胃肠疾病，伴有脱水、电解质紊乱、全身毒性反应等，可能会导致威胁宝宝的生命健康。
需要立即进行治疗，可以在医生的指导下使用头孢克洛干混悬剂等，并可以通过口服补液盐散（III）、静脉滴注葡萄糖等来进行治疗。
小儿慢性肠炎的发病率很高，一般是因为病毒感染而导致的，一般情况下，小儿慢性肠炎的治疗主要根据病毒和非侵入性细菌来判断。
临床表现出明显的中毒症状，尤其是新生儿、婴幼儿、重症患儿可选用抗生素。抗生素不能治疗由病毒引起的肠炎。治疗由寄生虫引起的肠炎需要服用一些抗寄生虫的药物。可以适当选择胃肠粘膜保护剂和微生态治疗。