小儿单纯性肥胖的鉴别诊断主要是对伴有肥胖的遗传性疾病和内分泌疾病进行鉴别，遗传性疾病包括三种:
第一，Prader-Willi综合征，手脚小、身材矮小、体态肥胖、肌张力低、智力低下、外生殖器发育不良。
第二，Laurence-Moon-Biedl综合征，肥胖、多指、多趾、轻度智力低下、视网膜色素沉着、性功能降低。
第三，Alstmm综合征，失明、糖尿病、中央型肥胖、视网膜色素变性、神经性耳聋。
内分泌疾病包括肥胖生殖无能症，是由于下丘脑及垂体病变，体脂分布于磕下、颈、下肢、乳房、会阴、臀部。身材矮小，手指和脚趾纤细，第二性征延迟或没有。其他内分泌疾病有甲状腺功能降低、肾上腺皮质增生、生长激素缺乏等，都有皮质增多但均各有特点。
小儿单纯性肥胖症治疗可做好，减轻精神负担，增加锻炼等方面进行，任何的肥胖症都要进行饮食管理，饮食管理规则如下：
限制食量要照顾基本营养及生长需求，使体重逐渐降低，满足食欲，避免饥饿感，蛋白质食物满足食欲的作用较高，是生长发育所需，不能少于2g/kg/d。碳水化合物对代谢体内脂肪及蛋白质有帮助，可作为主食，要限制脂肪供给，减少总热能，维生素、矿物质要保证，食品以水果、蔬菜、麦食、米饭为主，加入蛋白质食物，如瘦肉、鸡蛋、鱼、豆及制品。
小儿单纯性肥胖的治疗方式如下：
儿童单纯肥胖的治疗方法有行为治疗、饮食治疗、运动治疗等。儿童的行为治疗主要是纠正不良的饮食习惯、运动习惯等，从而达到降低或控制体重的效果，同时也可以让父母或老师给孩子列出矫正的目标和具体的内容。在饮食治疗上，可以采取白水煮、凉拌、清蒸等烹饪方式，以低糖、低脂的食物为主。运动治疗的原则是安全，易长期坚持。
单纯性肥胖症又称原发性肥胖症，指的是只有肥胖但没有任何器质性疾病的肥胖症，单纯性肥胖可分为轻度肥胖、中度肥胖、重度肥胖、1、2、3个级别，根据脂肪分布可分为全身性肥胖、向心性肥胖、上身或下身肥胖、腹型和臀型肥胖等。另外还有肥大肥胖和增生型肥胖。增生性肥胖指的是脂肪细胞的数量增多，其特点是肥胖多在儿童时期开始，在青年发育期肥胖进一步加重，终身肥胖。肥胖是指肥胖只是脂肪细胞聚集脂肪量增加，脂肪细胞数量不增加，其特点是肥胖多在中年开始，脂肪堆积在身体中央，因此又被称为中心性肥胖、腹型肥胖。
单纯性肥胖是指不是因为某一些疾病所导致的肥胖。因为很多疾病本身就会导致体重增加，水钠潴留，比如库欣氏综合征，这类的疾病它会导致人的水液代谢有问题，从而导致水钠的潴留，导致体重的增加。
肥胖是很常见的，可以用标准体重来衡量，一般的标准体重是100乘以0.9。如果病人的体重超出了正常的20%，那就是肥胖。还可以通过皮肤的褶皱卡钳来测量皮下脂肪的厚度。皮下脂肪的厚度是人体脂肪的二分之一到三分之二。肥胖是指男性超过4厘米，女性超过5厘米。最常见的是三角肌外侧，皮脂的厚度，和肩胛角下的两个位置。皮下脂肪厚度也需要x线来估算，如果这个数值超过24，就属于肥胖。