矮小症的病因有很多种，首先应找出病因判断是否可以采取治疗。
如果是先天性的垂体发育不良所致的生长激素不足，可以通过皮下注射来提高身高；如果是由于甲状腺功能低下所致的矮小，则可以口服甲状腺素片。如果是特发性矮小症，皮下注射生长激素，2岁的儿童会有一定的依赖性，建议4岁以后再使用。
建议再医生指导下采取合适治疗。
中医对于治疗矮小症有一定的效果。
矮小症有可能是由于脾肾亏损、气血不足导致的，所以要注意平时的生活要均衡，平时要注意饮食。尤其是小儿病人，其与父母的膳食安排有密切的联系。因此要根据具体的病因来进行调理，适当的中成药是可以的。矮小症是因为肺、肾两亏所致。可以选择服用补肺汤和河车大造丸。如果因为是因为肝肾阴虚，所以可以用大补阴丸加减中药方来治疗，中医可以治疗矮小症，也可以起到缓解的作用。
一般情况下，矮小症通过及时有效的治疗，绝大多数患者可获得临床治愈。矮小症是指儿童身高低于同性别同年龄同种族儿童平均身高的两个标准差以上。
临床治疗矮小症，针对其发病原因进行治疗。由生长激素缺乏所致，时间约为两年。由性早熟所致的，治疗时间约为1.5-2年。
只要达到成年男性身高1.6米以上，女性身高1.5米以上的标准，即为临床治愈。
遗传矮小症有一定的治疗手段，但是作用比较小。
对于遗传性的矮小症，一般没有较好的方法来治疗，可以通过使用药物和日常护理来缓解。建议在日常生活中注意休息，保证充足的睡眠，饮食中富含营养，最好是加强锻炼，平时多晒太阳可以有利于补充身体的维生素D，维生素D对钙的吸收来说是必不可少的，然后多吃一些含钙的食物，帮助骨骼生长。必要的时候可以前往医院进行生长激素药物的注射，部分患者也是可以达到普通人的标准身高的。
矮小症最佳治疗时间是3~12岁。
矮小症是小儿内分泌科的一种常见病症，一般小于同龄人两个标准差就是矮小症。矮小症应该尽早进行治疗，如果是女性来例假后，男孩的嗓音发生了变化，说明孩子已经到了青春期，这时候进行干预可能会起到很大的作用。最关键的是，在早期介入的过程中还有很大的余地，而且有的孩子的体重也比较轻，治疗起来也会比较方便，所以在发现孩子个子矮小的情况下，要及时的进行治疗，这样才能达到最好的效果。如果在孩子的骨骺完全闭合之后，才进行干预，可能会没有效果，进而给孩子带来不良影响。