如果是因为生长激素缺乏导致矮小症，可以通过打生长激素来治疗。如果是营养代谢性疾病、内分泌疾病、肿瘤、骨肿性疾病等，都可以针对这些原因进行治疗。如果是遗传性的矮小症，治疗效果并不好。矮小症最好的治疗年龄在3-12岁。医学研究表明，越是年轻的孩子，骨骺上的软骨层分化和增生就越活跃，身体的生长空间也就越大。如果使用生长激素治疗的话，年龄越小，剂量越小。
遗传矮小症有一定的治疗手段，但是作用比较小。
对于遗传性的矮小症，一般没有较好的方法来治疗，可以通过使用药物和日常护理来缓解。建议在日常生活中注意休息，保证充足的睡眠，饮食中富含营养，最好是加强锻炼，平时多晒太阳可以有利于补充身体的维生素D，维生素D对钙的吸收来说是必不可少的，然后多吃一些含钙的食物，帮助骨骼生长。必要的时候可以前往医院进行生长激素药物的注射，部分患者也是可以达到普通人的标准身高的。
矮小症诊断有诊断标准，参考的主要是2006年WHO的标准，具体如下：
身高低于同年龄、同性别儿童第三百分位以下或两个标准差以下，每年生长速度低于5cm-7cm，可以诊断为矮小症。诊断为矮小症后要做骨龄检测，看骨龄是超前还是落后。要做生长激素激发试验，检查性激素、甲状腺功能、染色体和基因检测、头颅和垂体磁共振等项目。目的是明确病因，排除特殊疾病，为孩子治疗做准备。
中医对于治疗矮小症有一定的效果。
矮小症有可能是由于脾肾亏损、气血不足导致的，所以要注意平时的生活要均衡，平时要注意饮食。尤其是小儿病人，其与父母的膳食安排有密切的联系。因此要根据具体的病因来进行调理，适当的中成药是可以的。矮小症是因为肺、肾两亏所致。可以选择服用补肺汤和河车大造丸。如果因为是因为肝肾阴虚，所以可以用大补阴丸加减中药方来治疗，中医可以治疗矮小症，也可以起到缓解的作用。
矮小症最佳治疗时间是3~12岁。
矮小症是小儿内分泌科的一种常见病症，一般小于同龄人两个标准差就是矮小症。矮小症应该尽早进行治疗，如果是女性来例假后，男孩的嗓音发生了变化，说明孩子已经到了青春期，这时候进行干预可能会起到很大的作用。最关键的是，在早期介入的过程中还有很大的余地，而且有的孩子的体重也比较轻，治疗起来也会比较方便，所以在发现孩子个子矮小的情况下，要及时的进行治疗，这样才能达到最好的效果。如果在孩子的骨骺完全闭合之后，才进行干预，可能会没有效果，进而给孩子带来不良影响。
矮小症患者通过及时有效的治疗，一般可临床治愈。
矮小症一般针对其发病原因进行治疗。由生长激素缺乏所致身材矮小，治疗时间约为两年。由性早熟所致的矮小，治疗时间约为1.5-2年。只要达到成年男性身高1.6米以上，女性身高1.5米以上，即为临床治愈。儿童若诊断为矮小症，应尽早治疗，促进患者的生长达到正常平均水平，一旦错过治疗最佳时机，骨骺端已经愈合，则无法达到理想的治疗效果。所以，家长应该时刻关注孩子的生长，发现异常及时到正规医院诊断治疗。