小儿艾灸的常用部位是肚脐即神阙，艾灸此处可温补阳气，调理脾胃，对小儿虚寒性腹痛、腹泻、呕吐等有效。或者身柱穴，艾灸此处有祛风除湿、通阳理气的功效，对小儿呼吸系统疾病有良效。
小孩咳嗽通常有风寒、风热咳嗽，艾灸主要对风寒咳嗽比较好一些，风寒束肺，肺气上逆，出现咳嗽，所以艾灸可以用背后的一些穴位，比如风门、大椎、肺俞、天宗、膏肓，治疗效果比较好。
小儿积食艾灸在中脘穴，堪称身体的健胃消食穴，虽然市面上有很多健胃消食的药片，但对于脾胃功能尚弱的宝宝，避免副作用影响宝宝身心。天枢穴，积食容易给肠胃造成过重的负担，肠胃功能不堪重负就容易出现便秘，宝宝长期处于便秘状态会影响智力发育，常艾灸天枢穴对缓解宝宝的便秘，有很重要的作用。
小儿过敏，如果是过敏性哮喘，可以艾灸的穴位是定喘、膻中、天突、大杼、丰隆。缓解期灸的穴位有肺俞、脾俞、肾俞、膏盲、气海、足三里。如果是过敏性鼻炎可以艾灸面部穴位和远端穴位，包括迎香、印堂、阳白，太阳、足三里合谷等穴位。还可以艾灸耳尖、曲池、背俞及患处。小儿过敏最好能找到过敏原，避免接触过敏原是很重要的。
宫寒是因为宫内的寒意比较重，所以艾灸能够直接深入到子宫的肌肉层，驱除里面的寒意。一，最佳的穴位是在小腹、关元穴、气海穴、子宫穴等穴位上进行艾灸，可以帮助子宫功能恢复，散去寒气。二，可以通过对腰间的命门穴、肾俞穴进行艾灸，通过对命门穴进行强肾固本，帮助肾阳，帮助子宫排除体内的阴寒。因此，艾灸对于祛风祛寒有很好的效果。
小儿湿疹可以选择在大椎骨、肺俞、血海、曲池、合谷、神阙穴等部位进行艾灸，对小儿的湿疹也会有所缓解，并且在一定的时候要让孩子逐渐习惯，然后再逐渐加大，以达到最佳的治疗效果，同时还要在专业的医师的指导下进行。除了艾灸外，儿童得了湿疹后，还可以及时前往正规医院，在医生指导下使用红霉素软膏或莫匹罗星软膏等药物进行治疗。