直肠给药也是有一定弊端的，不同年龄段的孩子身体的结构差异性是比较大的，由于直肠静脉回流的个体差异性会导致药物吸收的程度有一定的差异，可能会导致治疗剂量不足或者说剂量超标而出现中毒反应，同时反复的直肠给药可能造成直肠黏膜的损伤。
直肠给药方便、安全，孩子年龄小，口服药物是比较困难的，容易出现呛咳、呕吐，往往会影响药物的效果，注射给药有一定的优点，但是不容易被孩子接受。直肠给药也是有一定弊端的，由于直肠静脉回流的个体差异性会导致药物吸收的程度有一定的差异，可能会导致治疗剂量不足或者说剂量超标而出现中毒反应。
小儿直肠给药副作用较小，痛苦小，吸收较快，操作简单，比口服安全，是种很好的给药方法。
口服药要经过肝肠循环，进入血液循环后才能发挥作用，会损伤肝脏。直肠给药吸收快，药力不减，肝脏没有负担。不想口服药物可以通过直肠给药，肠黏膜吸收药物进行治疗，比较安全，除了药物的副作用，很少有不良反应，患者要多喝水，清淡要清淡，有预防幼儿疾病的效果。直肠给药要及时排便，给药后20分钟内不要大小便，适当抬高臀部有助药液吸收。
小儿直肠给药是否合法，具体分析如下：
在临床上，存在很多局限性和副作用。在手术的时候，要选择可以直接给药的药物，同时要注意手术的技巧。小儿可以通过直肠给予的药物很少，在说明书中会有明确的说明，可以通过灌肠或直肠注射。水合氯醛是儿童抽搐的常见药物，说明书上写着可以口服或者灌肠。还有就是小儿退热使用的退热栓，也标明是直肠给药。
一般来说，直肠给药对孩子没有太大影响。
通常宝宝吃药配合性差，口服药不容易灌进去，比如说发热、高烧，有时候伴有呕吐，不能通过口服给药，这时可以通过直肠给药。
一些药如退热栓，开塞露，它的设计就是为了直肠给药的途径而设计的，这种药直肠给药很安全。另外一些刺激性比较大的药，对胃肠道刺激很大，气味难闻，孩子难以下咽，它也可以通过直肠给药。
直肠给药插管时造成直肠黏膜的损伤，或者是一些刺激性大的药物会造成直肠粘膜水肿，但通常这些副作用不是太严重的。
