肛瘘的鉴别诊断主要应当与肛门直肠周围常见疾病进行鉴别。比如肛周脓肿，也是一种感染性疾病，病情相对比较急骤，可伴有局部红肿，疼痛及波动感。其次，肛瘘也应当与肛裂进行鉴别，肛裂通常表现为便秘、便血和疼痛症状，肛门周围没瘘口存在。肛周皮脂腺瘤感染破溃之后与也不容易与肛瘘相鉴别，在详细检查之后，可以发现前者并没有与直肠腔内相通的内口。
肛瘘的临床表现是外口反复流出少量的脓性分泌物或者粪水，分泌物时多时少，由于分泌的刺激可引起肛周皮肤瘙痒，有时还有气体从外口溢出。如果外口关闭，由于引流不畅可再次出现肛周脓肿的表现，如局部的红肿热痛，严重者可出现发热，乏力等全身中毒症状。
肛瘘是不会传染的。引起肛瘘的主要原因是因为长期喜爱食用辛辣刺激的食物或者长期饮酒、大便质地不成形、便次比较多，肛窦局部细菌滋生，细菌顺着肛腺管引起肛周的感染，形成肛周脓肿。
检查是否有肛痈病史，观察肛周有外口，常有脓性分泌物或粪汁流出，时觉瘙痒。皮下有条状硬索（即管道)由外口通向肛内，并在齿线相应部有内口。只有一个外口，一个内口，一条管道，且管道位于肛管直肠环以下，为低位单纯性肛瘘。具有两条以上管道，位于肛管直肠环以下，且外口或内口有两个以上，为低位复杂件肛瘘。
小孩肛瘘复发先以肛瘘挂线为主，只有这样复发的几率才会变小，若是复发的话可能要再次做手术治疗，并且在专科的肛肠医院就诊。手术之后的护理也是非常重要的，复发后先保持患处的卫生，清洗，消毒，涂药，先控制炎症。
