保持局部的一个卫生，另外药物治疗，对于肛瘘有时候，可用一些外用的一些药物，来减少它的一个感染的机会，在新生儿期，通过这些保守治疗，它是有可能逐渐的愈合的，但是大孩子，就要考虑手术。
得了肛瘘以后，首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等，各种方法很多。
肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
治疗肛瘘的方式就是手术治疗。肛瘘手术有很多种，比如瘘管切开术、肛瘘切除术、挂线疗法等。首先尽可能的保持肛门部位的干燥清洁，便后应该要用温水坐浴。在日常的生活中，要避免便秘或者是腹泻。
