最主要的原因是缺少维生素D和钙剂。宝宝身体内的微量元素主要是宝宝在宫内时储存的，宝宝出生后生长发育迅速、需要量大，且母乳不能提供足够的维生素D和钙剂，如果没有及时补充的话，就容易引起宝宝睡觉不稳，不容易睡眠。
吃饱奶以后，能够安静的睡眠4到5个小时。如果宝宝合并有拉肚子、腹胀等症状需要高度怀疑胃肠功能紊乱，引起的肠绞痛的可能性是非常大的，胃肠功能紊乱以后可能会出现阵发性的肠蠕动增快，会出现睡眠不安稳，哼哼唧唧。
大多数宝宝睡觉哼唧都是正常的生理状态，宝宝在腹中很有安全感，但出生后会受到外界环境所带来的各种刺激。加上小宝宝脑神经系统还不够完善，所以需要有一个逐步适应的过程。
宝宝睡觉老是哼哼唧唧使劲脸红，如果还伴有胃口变大，吃奶频率变多，精神状态良好，考虑是宝宝到了猛涨期。
宝宝在出生后的第一年里身体各方面发育都比较迅速，会经历几个猛涨期。猛涨期的宝宝睡眠变得非常不好，睡觉时即使睡着了也睡不安稳，老是哼哼唧唧、身体使劲还扭来扭去，脸也通红，其实是宝宝在缓解因身体猛涨期而产生的不适症状。
如果宝宝睡觉老是哼哼唧唧使劲脸红，并摸着宝宝的肚子有些发胀、发硬，考虑是肚子胀气，家长可以用小热水热敷，能有效缓解腹胀情况，也可以顺时针方向按揉肚子，促进肠道内气体排出来，缓解宝宝腹胀症状。
40天宝宝睡觉时，容易出现哼哼唧唧使劲，要看有没有腹胀、肚子咕咕声、有无可疑的哭声等症状，看看有没有明显的变化，比如粪便很稀、粘液、脓血、泡沫等。此外，如果40天宝宝缺乏维生素D和钙的摄取也会导致这种情况，特别是孕妇在孕期有腿部痉挛、缺乏维生素D和钙的表现时，更需要关注40天宝宝维生素D补充的问题。
新生儿宝宝睡觉时哼哼唧唧可能是神经系统尚未发育完善引起的正常生理现象，无需特殊处理。但新生儿缺钙也可导致宝宝睡觉时哼哼唧唧，睡得不踏实。宝宝血中钙离子浓度下降可以导致大脑及神经元兴奋性改变，导致睡眠不安。