甲型流感起病比较急，出现高热、畏寒、头部疼痛、背部不舒服、四肢酸痛乏力，有可能还会出现咽喉部的疼痛、干咳、流鼻涕、眼睛结膜充血、流眼泪并且出现浅表淋巴结的肿大，肺部可以听到出湿啰音，少数孩子伴有胃肠道的一些症状，比如出现拉肚子、腹胀。孩子年龄小在高热期间出现高热惊厥的概率是比较高的。甲型流感病毒如果没有出现肺炎的情况，症状在5到7天之内会慢慢的消失，如果有肺炎则需一周到十天的时间。
儿童甲流的主要症状为突发高热，同时会有畏寒或寒战、头痛头晕、乏力、肌肉酸痛等全身中毒症状，咳嗽、咳痰、鼻塞、流鼻涕等呼吸道症状较轻，少数可有恶心、呕吐、腹泻等消化道症状。
甲流的病程，如果没有什么并发症，一般是1-2周的时间就可以痊愈。但如果并发了气管炎、肺炎之类的病变，治疗时又不及时、合理，则有可能使病情恶化，病情延长，甚至是危及生命。
通常感染甲流以后会出现的症状有。包括发热、咽痛、流涕、鼻塞、咳嗽、咳痰、头痛、全身酸痛、乏力。部分幼儿还会出现呕吐、腹泻。少数病例仅有轻微的上呼吸道症状，无发热。体征主要包括咽部充血和扁桃体肿大。
