一般情况下，儿童自闭症的原因，90%是基因导致的，10%是环境的原因。具体分析如下：
儿童自闭症与孕妇的妊娠年龄35周岁以上、出生时的阿氏评分、出生体重低、出生时有窒息、等因素有关。其次是缺少一种心理学的知识，即能够观察到自己和别人的心态（需求，信仰，愿望，意图，情绪，知识，感知），通常孩子4岁就会有心理学的知识，而自闭症儿童则有很大的缺陷。
一般情况下，小孩自闭症指的是小儿自闭症，其原因尚不清楚。可能与基因、神经系统等有关，具体分析如下：
1、基因：常染色体显著性基因也是导致其发生的原因之一。此外，一些自闭症儿童还出现了一些染色体不正常的情况，其主要特征是：染色体断裂。
2、神经系统：，一些儿童自闭症患者的大脑和大脑的生理和心理都发生了变化；
3、孩子妈妈怀孕时有可能受到某些疾病的影响。
目前，自闭症被认为是一种由各种生理原因造成的普遍的发展失调所造成的一种不正常的表现。
神经内分泌和神经递质：与多种神经内分泌和神经递质功能失调有关。研究发现孤独症患者的单胺系统，如5-羟色胺（5-HT）和儿茶酚胺发育不成熟，松果体-丘脑下部-垂体-肾上腺轴异常。
孤独症通常发生在儿童中，其诱发要素与通常遗传、分娩期、免疫、环境等要素有关，特别是与环境要素的影响以及儿童童年的成长经验有关。孩子引起自闭症，是因为小时候的不幸经验，或者受到了这种类型的伤害。教育和训练是治疗自闭症的方法，问题很严重，但是可以改善。
自闭症可能是由生理因素形成，如神经机能发展，生化机能发展，遗传因素或脑部受损所致。妇女怀孕期间可能因德国麻疹或风疹，使胎儿的脑部发育受损而导致自闭症。新陈代谢疾病亦会造成脑细胞功能失调，影响脑神经传递信息的功能，因而造成自闭症。还有，在怀孕期间窘迫性流产等因素而造成婴儿大脑发育不全，早产，难产，新生儿脑部受伤，以及在婴儿期患上脑炎，脑膜炎等疾病造成脑部伤害，都可能会增加罹患自闭症的机会。
孕产期中的危险因素也许并不是造成自闭症发病的“直接原因”，不过它提高了已存在的自闭症遗传的可能性，增加自闭症发生的危险性，影响罹患自闭症的途径，是导致自闭症的重要“辅助原因”。