后半夜正是空气冷热交替的时候小儿身体抵抗力比较弱，就会导致小儿对后半夜的空气产生过敏，导致咳嗽的发生。带孩子到正规公立医院儿科做过敏化验检查，止咳化痰和增强免疫力的药物治疗。
常见的原因，如呼吸道的疾病，咳嗽变异性哮喘、支气管哮喘、喘息性支气管炎、嗜酸性粒细胞性肺炎等，都是以夜间咳嗽的症状为主。还要注意心血管系统方面的问题，如冠心病、高血压性心脏病。
小孩半夜咳嗽可能是迷走神经兴奋造成的。
儿童不会在白天出现咳嗽，在深夜出现，特别是在深夜，这是由于迷走神经的兴奋程度增加所造成的。迷走神经会刺激到气道粘膜，从而引起支气管平滑肌的收缩，从而引起支气管的管腔变形、狭窄，从而提高对呼吸道的敏感度。
当不适症状较为明显时，应注意带小孩及时就医，以便尽早展开有效治疗。
小孩上半夜咳嗽可能是多种原因导致的，具体分析如下：
首先，需要考虑是不是受到了感染，如果能够控制住，咳嗽也会有所缓解。晚上的咳嗽还会导致胃食管反流，可以适当的提高体位，这样可以减轻咳嗽的症状。如果小孩是过敏症，那么在晚上睡觉的时候，体温会降低，湿度也会发生变化，比如接触到灰尘，受到冷空气的刺激，会导致咳嗽。平时要给宝宝做好保暖工作，可以多喝点温水。
一般来说，儿童的咳嗽主要与上呼吸道感染和过敏性支气管炎有关。细菌感染和病毒是两种不同的疾病。最好是去呼吸科、小儿科做一下血液常规和支原体肺炎的检测，通过医生的肺脏判断是否有肺部的炎症。单纯的感染导致的咳嗽，可以口服抗感染、止咳、化痰、抗感染的药物，如果是过敏性支气管炎所致的过敏性咳嗽，可以在医生指导下使用抗过敏的药，例如：氯雷他定分散片、孟鲁司特咀嚼片等。
此外，如果宝宝的情况比较严重，建议家属及时带宝宝前往医院就诊。
一般情况下，孩子出现夜间的咳嗽是过敏的表现。过敏性咳嗽是一种由于过敏性哮喘导致的呼吸道或支气管痉挛，不会受到病菌或病毒的影响，早上和晚上出现的剧烈咳嗽，表现为刺激性的干咳、无痰，如果使用抗生素等抗变态反应药，可以服用克雷他定等抗变态反应的药物，并尽量减少暴露，如果需要，可以配合使用布地奈德、特布他林等喷雾疗法，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。