三个月大的婴儿早上咳嗽，考虑到婴儿主要是由上呼吸道感染或气管的外部刺激引起的，不要太担心。平时注意保持室内透气，并有一定的湿度，然后可以每天早上起床的时候给宝宝喝一点温水，清洁肠道，避免刺激。
宝宝早晨起来咳嗽是呼吸系统感染引起的，出现呼吸系统感染，会有炎症的发生，呼吸道黏膜会分泌大量的炎性渗出物，这些物质在夜间容易堆积在支气管、气管内或者咽喉部，从而产生咳嗽的现象，宝宝早晨起来会出现咳嗽的症状。要进行消炎治疗，对于缓解咳嗽的效果往往是比较好的。在咳嗽早期是病毒性感染，可以给宝宝使用中成类消炎药进行治疗。
三个月宝宝咳嗽喉咙有痰可能是患支气管炎，在此情况下，应给予患儿口服部分抗生素抗感染，接着还可以在医生的指导下选一些止咳化痰药口服，同时建议再对患儿进行雾化吸入。如果不知道如何使用，可以自己去买一个雾化装置。雾化吸入属局部给药，其副作用相对小，且起效较快，使患儿迅速康复。
此外，三个月宝宝咳嗽喉咙有痰可以适当饮用温热水。
一、婴儿出现轻微的干咳，要定时进食，每3-4个小时一次，4-6个小时是由于4个月的婴幼儿肠胃比较脆弱，不能完全的发育，所以要适当的排出和休息，确保消化吸收功能的正常运转。
二、先少量进食一些辅助食品，这个时候食欲好，可以更好地吸收补充食物，如果补充的食物很少，不能填饱肚子，就只能在晚上进食的时候，在喝牛奶的过程中，可以选择一些自制的鲜榨的水果。饮食方面要注意多摄入充足的水份和微量元素，以利于身体的消化和吸收，清除身体中的垃圾和毒素。
三、母乳喂养的母亲要吃一些清淡的东西，不要吃海鲜、过凉、过热的东西，同时要吃一些平性的水果，同时要多饮水，乳头要保持清洁，避免患上乳汁。
要注意是不是有炎症导致的了，呼吸系统的炎症，要及时的检查，进行治疗的了。呼吸系统疾病是一种常见病、多发病，主要病变在气管、支气管、肺部及胸腔，病变轻者多咳嗽、胸痛、呼吸受影响，重者呼吸困难、缺氧，甚至呼吸衰竭而致死。
一般情况下，三个多月婴儿出现鼻塞、咳嗽等症状，主要与上呼吸道感染、病毒等因素相关。具体内容如下：
建议在孩子到医院的儿科做血常规、c反应等方面做个全面的检测，如有病毒感染，可以口服清开灵颗粒、清开灵颗粒等，还可以口服利巴韦林口服液；如果是细菌引起的，可以口服一些抗炎症的药物，比如头孢颗粒。家长可在患儿身体耐受下带领其适当运动，增强体质，提高免疫力。患儿家长应遵医嘱按时带患儿复查，一般建议患儿每半年复查一次。