新生儿呼吸困难的病因有：
1.生理性：当鼻腔狭窄、鼻道较薄弱、喉管较柔软时，宝宝的呼吸会出现堵塞。
2.喉软骨软化：婴儿因缺钙引起喉软骨软化，在吸入时喉软骨发生塌陷，引起局部阻塞。
3.新生儿本身粘膜较薄，腺体分泌较多，分泌较多的腺体，但不会擤鼻涕，因此，分泌物过多会引起鼻塞，出现呼吸困难。
4.感染：感冒的新生儿会出现严重的鼻腔水肿。
新生儿呼吸重是肺部的呼吸功能没有发育完全有一定的关系。新生儿出现呼吸比较重的情况，不会有什么影响，不要太担心，只要在出生后进行一下呼吸监测，孩子可以正常呼吸，并且血氧饱和度正常就不会影响孩子健康的。
一般引起新生儿呼吸快的原因首先是由于新生儿患有肺炎导致的，如果新生儿感染肺炎链球菌等细菌或者感染呼吸道合胞病毒等病毒，都可以引起新生儿发生肺炎，从而导致新生儿出现呼吸次数的增快。这是由于新生儿患有肺炎以后，肺泡出现病变，从而引起肺泡中的氧气交换能力，会引起体内的缺氧，缺氧状态以后会引起呼吸次数的代偿性增快。
新生儿呼吸重，可能是有异物导致的。生理性的不需治疗，如果是因为分泌物堵塞鼻孔，用湿的棉签清除就可以了，正常的鼻腔呼吸重，随着年纪的增长，慢慢就会消失的。如果持续不消失，家长应该陪同宝宝到医院检查一下鼻腔，看一看是否存在鼻甲肥大或者息肉的情况。
考虑是由于咽喉部的原因引起的。可能不是由于缺钙引起的，还是有咽喉部炎症，或者是，痰液增多引起的。妈妈一定要注意补钙，母乳喂养一段时间后再观察宝宝的呼吸状况。宝宝也要注意多喝水。
新生儿吐奶块可能是生理原因，也可能是进食过多的原因。
三个月以内的宝宝很可能会呕吐，因为胃部和食管的括约肌还没有完全的发展，再加上胃部是横向的，消化力较差，因此容易出现吐奶块的症状。有些宝宝一次进食过多，进食后会有明显的哭声，用力的动作等症状，也会造成呕吐。
建议家长进行科学喂养，少食多餐，避免一次性喂食过多，防止出现消化不良。